Se convirtió en rey en 1433 y pronto mostró interés por conseguir un consenso interno.La expedición no contó con un apoyo unánime ya que algunos nobles se mostraron en contra.[3] Mientras se terminaban unas obras en el Monasterio de Batalha, fundado por su padre el rey Juan I de Portugal, su sepulcro fue depositado en la capilla mayor y después trasladado a las capillas inacabadas del monasterio.Por otro lado el infante Pedro, hermano del monarca fallecido, teniendo en cuenta la edad del nuevo rey y la amenaza de la peste, logró que también se le jurara como heredero al Trono de Portugal al hermano del rey-niño, Fernando para asegurar la sucesión en caso de que Alfonso contrajese la peste.[11] En su testamento también ordenó el rescate de su hermano Fernando que aún se encontraba cautivo.Gozaba de la montería, tenía el corazón piadoso sin defraudar a la justicia, y tan amante de la verdad que no se conoce que haya faltado alguna vez a su palabra».