Se utilizaron estilos artístico y técnicas que eran desconocidos hasta ese momento en Portugal.

Este arquitecto, probablemente descendiente de catalanes, introdujo el gótico flamígero.

Éste se manifiesta en la fachada principal, en la cúpula de la sala capitular, en la Capela do Fundador(Capilla del Fundador), en la estructura básica de las Capelas Imperfeitas (Capillas Inacabadas) y en las naves septentrional y oriental del claustro principal.

La Capela do Fundador, es una capilla funeraria, que fue añadida al proyecto inicial por el propio rey Juan I.

Lo mismo sucedió con la rotonda funeraria conocida por Capelas Imperfeitas, iniciativa del rey Eduardo I de Portugal.

Añadió el claustro de Afonso V (o menor) y las dependencias adyacentes.

Este maestro del estilo manuelino trabajó en el pórtico de las Capelas Imperfeitas.

[6]​ En planta de cruz latina, la iglesia revela el apego a la tradición del gótico mendicante portugués.

La misma «razón» fue adoptada para determinar la relación entre la anchura del templo y su longitud – desde la puerta axial hasta el arco triunfal – y más tarde, para determinar la dimensión de la Capilla del Fundador que, así, forma un cuadrado que ocupa tres veces el cuerpo de la iglesia (cabecera excluida).

Este trazado es fiel con todo el proyecto inicial mostrando una condición de continuidad a las tradiciones portuguesas, habiendo apenas que solucionar los trámites relativos al abovedamiento.

La cubierta de las tres naves es estructuralmente idéntica, con arcos torales simples, dos nervios cruzados y una ligadura uniendo las claves longitudinalmente.

Este sistema evitó cualquier refuerzo exterior, limitándose el respectivo apoyo a los contrafuertes radiales.

El maestro Afonso Domingues no finalizó la obra, dejando, con todo, casi configurado todo el templo (con excepción tal vez de las partes más elevadas) y buena parte de la zona claustral.

Las galerías norte y occidental ya estarían levantadas, pero fue Huguet quien habría terminado las del lado sur y oriental (todas ellas con siete tramos), respetando, sin embargo, el trazado anterior, con bóvedas de crucería de grandes claves unidas por ligadura longitudinal, sin ménsulas, descansando en finas columnillas a uno y otro lado de las paredes.

La cara exterior de esta sala, que da para la galería del claustro, está formada por un portal de rasgado profundo, con cinco arquivoltas por fuera y cuatro por dentro, con el vano decorado por cogollos radiantes.

A cada lado se abren dos grandes vanos partidos, ocupados cada uno de ellos por dos ventanas geminadas con una bandera recortada y rejillada según los preceptos del gótico flamígero.

Nuestra Señora sujeta una vasija con su brazo derecho, teniendo el cuello adornado por un collar de colgantes en forma de mano (signos apotropaicos), y el ángel la típica filacteria enrollada alrededor del cuerpo.

Uno de los edificios adyacentes al monasterio más importante y que marca indeleblemente su carácter "real", siendo bien esclarecedor en cuanto a los intentos llevados a cabo, es, precisamente la llamada Capela do Fundador.

Esta capilla fue trazada por el maestro Huguet y se encontraba todavía en obras en 1426.

En la parte superior, sobresale al exterior el octógono central de donde parten ocho arbotantes acanalados apoyados en los contrafuertes exteriores, que se prolongan en pegões pinaculaos más allá del techo.

Su interior tiene dos alturas: la inferior corresponde a los pilares y arcos, mientras que en la superior se abren las ventanas lucernarias.

El panteón del rey Duarte, también conocido como Capelas Imperfeitas (capillas Inacabadas) fue diseñado teniendo en cuenta una lectura rigurosa del testamento de Juan I, que optó por crear su propio espacio funerario.

De cualquier modo, las obras, dirigidas también por Huguet, no fueron terminadas, ya que, iniciadas notablemente en 1434, el monarca falleció 4 años después dejándolas incompletas.

El tímpano muestra un pantocrátor y un tetramorfos de los cuatro evangelistas con su símbolo característico cada uno.