Entre sus hermanos estaban los reyes Alfonso VI y Pedro lI y Catalina la cual sería reina consorte de Inglaterra.

[2]​[3]​ En 1640, cuando tenía cuatro años, Portugal que hasta ese entonces era un reino vinculado a la corona española, declaró su independencia separándose de España, en ese momento su padre es elegido como nuevo rey portugués como Juan IV, por lo que la nueva familia real se trasladó a vivir a Lisboa.

En 1645, siendo en ese momento la hija mayor del rey, se convirtió en la primera Princesa de Beira, título creado por su padre otorgarse a la hija mayor del monarca de Portugal, originalmente muy similar a la francesa Madame Royale o la inglesa Princesa Real.

[2]​ Antonio Caetano de Sousa describió que Juana había sido dotada por la naturaleza de "una gran belleza".

Fue enterrada en el presbíterio del Monasterio de los Jerónimos, siendo trasladada en 1855, junto con sus hermanos Teodosio, Alfonso VI y Catalina, al Panteón de la Dinastía Braganza, donde yacen junto a sus padres.