Por parte de madre era un 2.º bisnieto del santo Francisco de Borja y Aragón; y, consiguientemente, descendiente directo del papa Alejandro VI (Rodrigo Borja o Borgia).

Su padre le concedió el Ducado de Braganza, siendo el 9.º Duque (como Teodosio III), probablemente después de que su tío Duarte muriera en 1649.

Con apenas seis años, se vio en él la gran esperanza para la Restauración del trono portugués.

Según Veríssimo Serrão en su «Historia de Portugal» volumen V, página 36: Cuentan los cronistas que era un joven muy devoto aunque, al mismo tiempo, impregnado de un ideal guerrero.

Su muerte fue un duro revés para su padre y para el país.