Cuando Sebastián I realizó la primera partida a África quiso que el duque lo acompañase, dejando el gobierno del ducado a Catalina (1574), en lo que se daba a la casa de Braganza la importancia de un reino.

[1]​ Durante el corto reinado de cardenal-rey Enrique I entró el duque de Braganza, juntamente con la duquesa, en la pretensión de la corona, y en las cortes reunidas en Lisboa juró solo obedecer al monarca que los Estados reconociesen aunque intentó hacer valer los derechos de su mujer al trono, desistiendo al poco.

Sin embargo, el duque de Braganza, influenciado por su mujer Catalina (heredera del trono), rechazó las propuestas (1579).

Muerto el cardenal-rey, el duque acompañó a los gobernadores del reino a Lisboa y Setúbal, diligenciando para que fuesen reconocidos los derechos de su mujer a la Corona portuguesa; sin embargo finalmente desistió y aceptó las mercedes del rey español.

Cuando se retiró del país, el mismo soberano aun le concedió: para el heredero, el cargo de condestable del reino por tres generaciones; para el segundo hijo el marquesado de una ciudad de España; para el tercer hijo, una encomienda de España y muchas otras mercedes en dinero y concesiones.