Esto permitió que el primer ministro portugués, Castelo Melhor, se concentrara en asegurar su propio puesto.
Alfonso VI sucedió a su padre en 1656, pero estaba físicamente impedido y mentalmente inestable, con el gobierno controlado por su madre, Luisa de Guzmán.
Guiado por Castelo Melhor, Alfonso la envió a un convento en 1662, donde murió en febrero de 1666.
Su hija murió a los 21 años, después de haber arreglado repetidamente su matrimonio con varios príncipes.
En 1667 la reina fundó el convento del Santo Crucifijo o Franciscanas, y enriqueció muchas iglesias.