María Sofía nació en el Palacio Benrath, en Düsseldorf, hoy en día a las afueras de Alemania.
Ella también fue muy querida por su marido, quien le dio un hijo un año después del matrimonio.
Sin embargo, el bebé vivió sólo tres semanas, pero un año más tarde, María Sofía dio a luz otro hijo varón, que sería el sucesor de su padre como Juan V de Portugal.
Ella se enfrentó con la hermana viuda del rey, Catalina Enriqueta, en cuestiones de etiqueta.
Tenía una amistad muy íntima con el padre Bartolomeu do Quental, que murió con fama de santo.