Fue la última hija del duque Alberto Federico de Prusia y de la princesa María Leonor de Cléveris, hija del duque de Cléveris, Jülich y Berg, Guillermo V el Rico, y de la archiduquesa austriaca María de Habsburgo-Jagellón.

Ella cuidó a su marido que estaba muy enfermo, y durante la guerra de los Treinta Años, después del enfrentamiento entre el rey Gustavo II Adolfo de Suecia y su primo segundo, el emperador Fernando II de Habsburgo, medió entre los dos beligerantes (Paz de Praga de 1635).

Además, utilizó a prisioneros de guerra suecos en los trabajos de la fortaleza de Dresde y tuvo amistad con la reina regente sueca, su sobrina María Leonor (viuda de Gustavo Adolfo y madre de la reina niña Cristina I).

Magdalena Sibila promovió la pintura y la poesía.

Vivió desde entonces en el Dresdner Frau Kurfürstin-Haus y murió en Dresde en 1659.