Magdalena Sibila era hija del elector Juan Jorge I de Sajonia de la Casa de Wettin (línea Albertina) y de su segunda esposa Magdalena Sibila de Hohenzollern, hija del duque Alberto Federico de Prusia y de María Leonor de Cleves.

En 1634 Magdalena Sibila se casó en Dresde con el príncipe heredero danés Cristián de Oldemburgo, hijo de Cristián IV de Dinamarca y Noruega.

Después de trece años sin hijos, este se anuló con la muerte del príncipe.

Margarita Sibila tuvo un segundo matrimonio, a partir de 1652 con el duque Federico Guillermo II de Sajonia-Altemburgo (su primo segundo).

De la unión del matrimonio nacieron tres niños: Su tumba está en la cripta de la iglesia del castillo de Altenburg.