Ya huérfana a principios de 1668/69 cuando murieron sus dos padres, Juana Magdalena se convirtió en un juguete en los planes dinásticos de sus familiares.
Si, a su vez, los Weissenfels se extinguían también, los únicos que se beneficiarían serían las otras líneas albertinas debido a su estrecha relación.
Debido a su educación proporcionada por los teólogos Johann Stiel y Johann Christfried Sagitario (1617-1689), Juana Magdalena fue piadosa durante toda su vida y mostró mucho interés en los asuntos eclesiásticos de su ducado.
En privado, a menudo estudiaba la Biblia, a la que proporcionó numerosas anotaciones, y se dedicó a la compilación de libros de oración, colecciones en prosa y libros de texto, que regaló a familiares y miembros de la corte.
Durante su vida, donó regularmente a los habitantes pobres de la ciudad de Weissenfels y les dejo dinero en su testamento.