Aunque el padre de Magdalena se inclinaba para aceptar esta unión, su hermano, Maximiliano I, rechazó su mano porque no quería verse implicado en las disputas dinásticas austríacas.
En mayo de 1609, Leopoldo V visitó Múnich y estuvo conforme en renunciar a sus cargos eclesiásticos para casarse con Magdalena.
Tres días más tarde (14 de noviembre), Magdalena renunció para ella y sus descendientes a cualquier derecho sucesorio sobre Baviera.
Poco después, ambos jesuitas fueron enviados a los Países Bajos por el suegro de Magdalena, Felipe Luis del Palatinado-Neoburgo.
En una ocasión, durante un servicio religioso, un invitado disparó a través de una ventana abierta donde estaba Magdalena.