En 1621, el Elector Palatino Federico V fue puesto bajo prohibición imperial por su papel en la revuelta de Bohemia contra el emperador Fernando II, y la dignidad electoral y territorio del Alto Palatinado fue conferido a su primo leal, Duque Maximiliano I de Baviera.
En ese punto, las dos líneas fueron unidas en unión personal hasta el fin del Sacro Imperio Romano Germánico.
Durante los últimos años de esta guerra Baviera, especialmente la parte septentrional, sufrió gravemente.
La recuperación del Alto Palatinado hizo a Baviera compacta; la adquisición del voto electoral la hizo influyente; y el ducado pudo jugar una parte en la política europea que luchas internas habían hecho imposible durante los cuatrocientos años pasados.
A pesar del lustre que la posición internacional alcanzada por Maximiliano I pudiera añadir a la casa ducal, en la propia Baviera su efecto en los siguientes dos siglos era más dudoso.
El hijo de Maximiliano, Fernando María (1651-1679), quien era menor cuando sucedió en el trono, hizo cuanto pudo para reparar las heridas causadas por la Guerra de los Treinta Años, impulsando la agricultura e industria y construyendo o restaurando numerosas iglesias y monasterios.
Su buena obra, sin embargo, fue en gran medida deshecha por su hijo Maximiliano II Emanuel (1679-1726), cuya ilimitada ambición lo puso en guerra contra el Imperio otomano y, al lado de Francia, en la gran lucha por la Sucesión de España.
La muerte del emperador Carlos VI demostró ser su oportunidad: discutió la validez de la Pragmática Sanción que aseguraba la sucesión de los Habsuburgo a María Teresa, aliándose con Francia, conquistó la Alta Austria, fue coronado rey de Bohemia en Praga y, en 1742, emperador en Fráncfort.
Para la propia Baviera Carlos Teodoro hizo poco menos que nada.
En 1792 los ejércitos de la Francia revolucionaria invadieron el Palatinado; en 1795 los franceses, a las órdenes de Moreau, invadieron la misma Baviera, avanzaron hasta Múnich —donde fueron recibidos con júbilo por los liberales largamente oprimidos— y pusieron sitio a Ingolstadt.
Maximiliano IV José (de Zweibrücken), el nuevo elector, sucedió en una herencia difícil.
Montgelas ahora aspiraba a elevar a Baviera al rango de una primera potencia, y lo perseguía durante la época napoleónica con habilidades consumadas, permitiendo la completa preponderancia de Francia —mientras duró— pero nunca permitiendo que Baviera se hundiera, como muchos otros Estados de la Confederación del Rin, en una mera dependencia francesa.
Por otro lado, Wurzburgo, obtenido en 1803, tuvo que se cedido por Baviera al Elector de Salzburgo a cambio del Tirol.
Poco después, fue formada la Confederación del Rin y Maximiliano, con los otros príncipes que se habían unido a este cuerpo, anunciaron su secesión del Sacro Imperio Romano Germánico.