La diócesis fue fundada en 739 por San Bonifacio y estaba originalmente subordinada a la arquidiócesis de Salzburgo.
En el siglo XIII, el obispo de Ratisbona se convirtió en príncipe del Sacro Imperio Romano Germánico con asiento y voto en la Dieta Imperial.
El Principado se hallaba totalmente enclavado dentro del Ducado de Baviera, lo que imposibilitó su extensión y siguió siendo uno de los más pequeños del Imperio.
Sus posesiones incluían Donaustauf, Hohenburg y Wörth an der Donau.
Esto se produjo tras la caída del Sacro Imperio Romano en 1806 durante la Guerra de la Tercera Coalición.