En 739 Bonifacio dividió el Ducado de Baviera en cuatro diócesis: Ratisbona, Frisinga, Passau y Salzburgo.

En 798 Salzburgo fue elevada a la sede metropolitana y la diócesis de Ratisbona se convirtió en su sufragánea.

Los siglos X y XI vieron el florecimiento de numerosos monasterios, que en su mayoría adoptaron la regla benedictina.

También siguieron nuevas fundaciones de monasterios en los siglos siguientes, también por carmelitas, dominicos y franciscanos.

En el siglo XIII, el obispado de Ratisbona se convirtió en un principado eclesiástico dentro del Sacro Imperio Romano Germánico.

En las primeras tres décadas del siglo XVI, el obispo Juan III se opuso efectivamente a la Reforma protestante, pero su sucesor Pankraz von Sinzenhofen permitió que las nuevas doctrinas se extendieran hasta tal punto que los protestantes destruyeron la catedral.