En 1977 se doctoró en Teología con una tesis titulada Kirche und Sakramente im religionslosen Christentum.

Bonhoeffers Beitrag zu einer ökumenischen Sakramententheologie (La Iglesia y los sacramentos en el cristianismo no religioso.

En 1985 se desplaza a la Albert-Ludwigs-Universität Freiburg para ejercer como profesor de Teología.

Un año después, en 1986, se le confía la cátedra de Teología dogmática en la Ludwig-Maximilians-Universität München.

Con todo, es de notar que su posición crítica no se desarrolla desde el pensamiento o la Teología tradicional escolástica o tomista (al contrario de lo que hacen el cardenal Raymond Leo Burke y el obispo Athanasius Schneider, O.R.C., que sí se apoyan en la filosofía y la teología tradicional), sino desde los postulados de la llamada Nouvelle Théologie.

[12]​ Pocas semanas antes del sínodo, Gerhard Ludwig Müller apareció como uno de los 5 cardenales coautores del libro titulado Remaining in the Truth of Christ: Marriage and Communion in the Catholic Church (Permaneciendo en la verdad de Cristo: el matrimonio y la comunión en la Iglesia católica),[13]​[14]​ en que se presentaba como imposible la comunión sacramental de los católicos divorciados con nueva unión.

[26]​ Entró en el debate surgido a raíz de los controvertidos comentarios del arzobispo de Friburgo Robert Zollitsch que sostenía que el celibato sacerdotal es un don, pero que no sería teológicamente necesario, aunque sí sería una "revolución" si la tradición del celibato fuera abandonada por la Iglesia latina.

En su libro escribió: "En realidad, el cuerpo y la sangre de Cristo no significan los elementos materiales del hombre Jesús durante su vida terrena o en su corporalidad transfigurada.

5ª edición, 2003), Müller declaró que la doctrina de la Perpetua virginidad de María no "se refiere tanto a las específicas propiedades fisiológicas durante el acto natural del parto [...], sino más bien a la curación y a la acción salvadora de la gracia del Salvador hacia la naturaleza humana".