La motivación principal para este nuevo matrimonio no fueron tanto las razones políticas como la esperanza de conseguir un heredero.Algunos príncipes protestantes, alarmados por esta acción, formaron para defender sus intereses la Unión Protestante, hecho que fue contestado en 1609 con la creación de la Liga Católica, en la cual Maximiliano tomó una parte importante, convirtiéndose en jefe de los católicos alemanes.Bajo su mando fue puesto en pie un ejército para combatir a los protestantes, pero su política fue estrictamente defensiva, rechazando que la Liga se convirtiese en un instrumento en manos de los Habsburgo.A pesar del arreglo con la Unión, Tilly devastó el Palatinado Renano, y en febrero de 1623 Maximiliano fue investido con la dignidad electoral que había pertenecido desde 1356 a los condes palatinos del Rin.Intentando permanecer neutral durante la guerra, Maximiliano firmó el Tratado secreto de Fontainebleau (1631) con Francia, aunque este no tuvo ningún valor.Según este tratado Maximilian conservó la dignidad electoral, que fue hecha hereditaria en su familia; y el Alto Palatinado fue incorporado a Baviera.
Maximiliano I y su mujer, la archiduquesa María Ana de Austria.
