Era el tercer vástago del emperador Fernando I del Sacro Imperio Romano Germánico y de la princesa Ana Jagellón, por lo tanto bisnieta de los reyes católicos.

Los abuelos paternos de Ana eran el rey Felipe I de Castilla apodado "el Hermoso" y su esposa, la reina Juana, apodada tristemente "la Loca".

Primero fue con Teodoro, hijo mayor y heredero del duque Guillermo IV de Baviera, el cual no obstante murió en la infancia en 1534.

Ana, una mujer religiosa, hizo grandes donaciones a la abadía católica de Vadstena, en Suecia, y apoyó generosamente a la Orden Franciscana.

También proporcionó una educación estricta a su nieto, el más tarde elector Maximiliano I de Baviera.