Esta unión concluyó con el largo litigio secular entre Baviera y Austria.
Alberto ahora podía dedicarse plenamente en los problemas internos de su dominio, y se concentró particularmente en convertirse en el líder alemán de la contrarreforma.
Internamente, tomó pocas decisiones en sus propias manos, entregando la mayor parte de la gestión a sus colaboradores, sobre todo en sus últimos años.
El duque tuvo que superar enormes esfuerzos para darle a su hijo, Ernesto, el Arzobispado de Colonia.
No alcanzó a ver sus frutos, por su prematura muerte, pero este proyecto fue recogido por sus sucesores, que obtuvieron el título y lo retuvieron por dos siglos.