Cuando Gebhard decretó la libertad religiosa y se adhirió a las nuevas ideas del protestantismo, el papa Gregorio XIII lo excomulgó el 1 de abril de 1583, oportunidad que aprovechó Alberto V, el cual propuso nuevamente a su hijo Ernesto, quien fue elegido príncipe elector.
A pesar de las claras simpatías españolas, mantuvo la neutralidad del principado establecida en 1577.
Ernesto fundó una dinastía: el Príncipe-obispo tendrá el derecho de nombrar a un pariente como su sucesor.
En 1601, Ernesto nombró sucesor a su sobrino Fernando, quien tenía once años.
Ernesto va a dejar su palacio en Outremeuse, el barrio que bordea el Mosa en Lieja, para crear allí el Hospital de Baviera, que será el principal de la ciudad hasta 1987.