[1]​ Comprendía cinco facultades: Humanidades, Ciencias, Teología, Derecho y Medicina, todas las cuales figuraban en el Hoheschule ('high school').

En las primeras décadas, la universidad creció rápidamente y era accesible no solo para los filósofos de la realeza y las escuelas nominalistas, sino también para los estudiantes pobres que deseaban estudiar las artes liberales.

Bajo Eck, muchos jesuitas fueron nombrados para puestos clave en la escuela y la universidad, a lo largo de la mayor parte del siglo XVII, que poco a poco pasó al control de la orden jesuita.

El emperador del Sacro Imperio Romano Germánico Fernando II recibió su educación en la universidad.

El 25 de noviembre de 1799, el elector Maximiliano IV anunció que la universidad había agotado sus fondos económicos y se había convertido en un peso demasiado grande para él, por lo que la universidad se mudó a Landshut como consecuencia de ello.