Nacido en Lucerna, octavo de 14 hermanos, su padre, Renward (o Rennward) Cysat (1545–1614), había trabajado desde 1575 en Lucerna como Kanzler (empleado de la ciudad) y había publicado el primer libro europeo impreso en el que se hablaba sobre el Japón, titulado "Von den Japanischen Inseln und Königreichen" (Sobre las Islas y Reinos Japoneses) (Friburgo, 1586).

Allí conoció a Christoph Scheiner, a quien asistió en sus últimas observaciones de manchas solares, cuyo descubrimiento más tarde se convertiría en un asunto de disputa entre Galileo y Scheiner.

Cysat fue uno de los primeros en utilizar los nuevos telescopios desarrollados en aquella época.

Publicó una monografía sobre el cometa titulada "Mathemata astronomica de loco, motu, magnitudine et causis cometae qui sub finem anni 1618 et initium anni 1619 en coelo fulsit.

El libro de Cysat es también notable debido a que fue impreso por una mujer, Elizabeth Angermar.