Su padre, Michael Maier, era campesino y bailío (o Amtmann) de la aldea.

En 1508 ingresó al sacerdocio en Estrasburgo y dos años más tarde obtuvo un doctorado en Teología.

En 1512 lo nombraron pro canciller de la Universidad y la convirtió en un baluarte del catolicismo.

Como economista político defendió la legalidad del cobro de intereses,[1]​ posición que argumentó con éxito en Augsburgo en 1514, y en Bolonia en 1515, donde debatió igualmente sobre la predestinación.

[2]​ Una comisión ducal designada para terminar el largo conflicto entre los académicos, pidió a Eck que preparara nuevos comentarios sobre Aristóteles y Pedro Hispano.

En sus primeros años, Eck era considerado un teólogo moderno, y sus comentarios se inspiran en gran medida en el espíritu científico del nuevo aprendizaje.

También arremetió contra un viejo amigo, el humanista y jurista Ulrich Zasius, por una doctrina proclamada diez años antes, y contra Erasmo de Róterdam por "Annotationes in Novum Testamentum".

Andreas Karlstadt defendió la postura de Lutero con respecto a las indulgencias y se involucró en una violenta controversia con Eck.

Impulsados por un deseo mutuo por un debate público, Eck y Lutero hicieron un pacto en el cual Eck se comprometió a debatir con Karlstadt en Erfurt o Leipzig, con la condición de que Lutero se abstuviera de participar.

Él logró que Lutero reconociera cierto grado de veracidad en las opiniones husitas y declaró estar en contra del Papa, pero su éxito solo agravó su resentimiento para con sus oponentes.

Es entonces cuando probablemente en la mente de Lutero hubo un giro mas radical por el que se decidió por el cisma para poder implementar las reformas innovadoras que no pudo demostrar como verdaderas en el seno de la Iglesia Católica, pues hasta ese momento Lutero no estaba considerando abandonar la comunión, pese al incidente de las Indulgencias, solo intentar corregir a la jerarquía, asumiendo siempre que su consciencia estaba en lo correcto.

En esta época, Felipe Melanchthon le escribió a Œcolampadius mencionando que había entendido claramente la diferencia entre lo que consideraba ser la verdadera teología cristiana y el escolasticismo de los doctores aristotélicos en Leipzig.

), Eck, agriado más aún porque a principio de ese año le había advertido a Erasmo, un joven estudiante de teología, que no se precipitara en el conflicto religioso, replicó que Melanchthon no sabía nada sobre teología.

Sin embargo, la publicación de la bula papal no demoró en desengañarlo.