Ahí estableció su nueva corte, desde donde gobernó Bohemia, reino del cual también era soberano.
A pesar de que en octubre de ese mismo año los aristócratas húngaros y el alto clero se reunió en Rákos y decidió que, en caso de morir el rey sin herederos varones, el trono húngaro no sería heredado por los Habsburgo a través del matrimonio con la princesa Ana.
En Hungría la nobleza no aceptó fácilmente este compromiso con los Habsburgos, y por ejemplo el noble Emerico Perényi paseó por las calles de la ciudad de Bratislava montado en su carruaje gritando y protestando, pues en algún momento también había sido considerado él como un posible pretendiente a la mano de la princesa Ana.
Tan solo meses después del encuentro real, murió Vladislao II en 1516, ascendiendo al trono su hijo como Luis II de Hungría (quien había sido coronado en su infancia para asegurar su sucesión tras la muerte del rey).
Poniendo en práctica el compromiso matrimonial, Ana fue llevada a Tirol en 1517, donde vivió con su cuñada María de Habsburgo hasta su matrimonio en 1521.