Juana pasó los primeros nueve años de su vida en Lornay y luego se educó en París, en la corte real junto a su tío.

[6]​ Su tío Francisco, contra su fuerte deseo, la casó en 1541 con el duque Guillermo V de Cléveris, cuando apenas tenía trece años.

Su oposición era de tal naturaleza que fue llevada a la fuerza al altar.

Dado que el matrimonio no se consumó, en 1545 fue anulado por el papa Pablo III.

Los dos hijos que le quedaban con vida fueron educados conforme a las ideas religiosas de su madre.

Los católicos no tenían ningún derecho: cultos prohibidos y expulsión de los clérigos (1570).

Sin embargo, debió aceptar una condición: Margarita de Francia no se convertirá al protestantismo.

Pese a decretar la libertad religiosa en su reino, en el que la Iglesia católica pudo compartir incluso templo con los protestantes en el horario que dispusiera la autoridad civil, la licencia papal a sus súbditos para la desobediencia y ocupación de cualquier territorio gobernado por una reina excomulgada como signo de obediencia al Papa, hicieron imposible la convivencia y finalizó con la prohibición de la religión papal en el Reino de Navarra que controlaba.

En 1571, la fe reformada (calvinista) fue oficializada en Bearne y Baja Navarra como religión estatal.