El matrimonio formal se lleva a cabo después de la muerte de la reina Blanca I, en 1442, pasando Leonor a residir en Béarn desde entonces.

En ese momento Leonor y Juan II protagonizan una pugna por el trono navarro, apoyándose la primera en los beamonteses y el segundo en los agramonteses, encabezados por los Peralta.

Acosada entre las apetencias de Francia, Aragón y Castilla siente que su reino, del que ni siquiera es titular, se halla amenazado así como sus derechos sobre el mismo.

El 19 de enero de 1479 muere Juan II siendo jurada reina Leonor el 28 del mismo mes en Tudela donde murió quince días más tarde.

Al morir reivindicó en su testamento todos los títulos de su hermano Carlos, a tenor con lo dispuesto por su madre Blanca I.