Su hermana mayor, Constanza, se casó con el infante heredero del reino de Portugal, don Pedro, pero murió antes de que este se coronase rey.

En 1369 Enrique se convirtió en soberano castellano al matar a su medio hermano Pedro I tras la batalla de Montiel.

Poco después, Juana dirigió personalmente el asedio a la ciudad de Zamora, ciudad que defendía la causa legitimista, mandando matar a los hijos del defensor Alfonso López de Tejada ante su negativa de rendirse.

Juana Manuel falleció en la ciudad de Salamanca, el día 27 de marzo del año 1381.

Enrique II de Castilla y Juana Manuel de Villena tuvieron tres hijos: