[2]​[3]​ Sus abuelos por parte paterna fueron el conde Gonzalo Núñez de Lara y su esposa, María Díaz de Haro y Azagra.

Desdobló a Juan Núñez I (fallecido en 1294) en dos personajes, asignándole la fecha de su fallecimiento en 1276, el año de su exilio en Francia.

La documentación medieval, sin embargo, evidencia la existencia solamente de tres homónimos ejerciendo el señorío de Lara entre 1275 y 1350.

1]​ Unos meses más tarde, el 25 de julio de 1266 confirmó, junto a su hermano Nuño González de Lara, el documento por el que los diviseros de Caleruega se comprometieron a respetar las donaciones que ellos y sus padres habían hecho al rey Alfonso X el Sabio para que el monarca las entregase al monasterio de Caleruega, y a conseguir que los otros ricoshombres que tenían divisas en Caleruega las cediesen a dicho monasterio.

Posteriormente, Juan Núñez de Lara acompañó a su padre, Nuño González de Lara "el Bueno", cuando este y los otros magnates sublevados contra Alfonso X abandonaron el reino de Castilla y León y se dirigieron al reino de Granada.

Durante su estancia en Granada y también durante la revuelta nobiliaria, participó junto a su padre en las negociaciones emprendidas entre la corona de Castilla, el reino de Granada y los magnates sublevados.

[8]​ En 1274 Juan Núñez I de Lara formó parte de la embajada enviada por Alfonso X al papa Gregorio X y a través de la cual, el monarca castellano-leonés confiaba en persuadir al pontífice para que apoyase sus reclamaciones a la corona imperial, a lo que el Papa no accedió, recomendando además al rey de Castilla que desistiese de dicho propósito.

Estuvo presente en las Cortes de Toledo de 1275, a las que asistieron su padre y su hermano, y durante las cuales Alfonso X el Sabio encomendó el gobierno del reino a su hijo primogénito, el infante Fernando de la Cerda, durante su ausencia, pues el monarca iba a emprender un viaje al Imperio con el propósito de ser coronado emperador del Sacro Imperio Romano Germánico.

Antes de fallecer, el infante Fernando suplicó a Juan Núñez I de Lara, que se hallaba junto a él, que velase por los derechos sucesorios de sus hijos Alfonso y Fernando, conocidos como los infantes de la Cerda, pues preveía que sus derechos al trono serían cuestionados, debido a su corta edad.

Sin embargo, no se entabló ninguna batalla entre ambos bandos.

Cuando Juan Núñez I de Lara regresó a Castilla, se celebró el matrimonio de su hijo con Isabel Alfonso de Molina, nieta del rey Alfonso X el Sabio y heredera por parte materna del señorío de Molina, que había pertenecido en el pasado a la familia Lara.

Poco después el rey comunicó al señor de Lara la falsedad de dicha acusación y llamó al individuo que se lo había comunicado falso caballero en presencia de toda la Corte.

Se dirigió a Francia y pasó a servir al rey Felipe IV de Francia, quien, tras la embajada que le envió el rey Sancho IV, desistió de su propósito de socorrer a Juan Núñez I de Lara y a los infantes de la Cerda, que se hallaban refugiados en su reino.

[14]​ Y conviene señalar que en ese mismo convento serían sepultados con total seguridad su nieto, Juan Núñez III de Lara, y su yerno, Fernando de la Cerda, que era el esposo de su hija Juana.[n.

[15]​ Y la última noticia que se tiene de esos tres enterramientos es que cuando en 1776 el presbiterio de la iglesia conventual de San Pablo fue renovado las tumbas se mantuvieron en el mismo lugar que habían ocupado anteriormente.

[16]​ Sin embargo, nada se ha conservado de esos enterramientos, ya que el convento de San Pablo de Burgos fue saqueado y destruido por las tropas francesas durante la Guerra de la Independencia Española, y posteriormente, las ruinas del edificio que aún se mantenían en pie fueron demolidas por el ejército español alrededor del año 1870 para construir un cuartel.