El rey se mostró conforme y los hijosdalgo reunieron una suma de dinero con la que adquirieron tierras, castillos y villas para el señorío de Lara.

[4]​ En 1326, a los once años de edad, aparece su firma en algunos privilegios rodados.

Con ello, Don Juan Manuel obtenía el apoyo del soberano portugués en la alianza que forjaba contra Alfonso XI, a la que pronto se incorporaría el rey de Granada, deseoso de emprender la guerra contra el soberano castellano.

En los acuerdos concertados entre el sultán granadino y Don Juan Manuel, este último dejó constancia de que en el pacto de mutua ayuda que ambos sellaban, el magnate se encontraba respaldado por Juan Núñez de Lara, que ponía a disposición de sus aliados sus vasallos y posesiones, con el objetivo de que Alfonso XI devolviese a su esposa las posesiones que le había confiscado.

El rey, que en esos momentos guerreaba contra los dos magnates rebeldes, envió a los maestres de las Órdenes Militares a socorrer Gibraltar, mientras él permanecía en Castilla, entrevistándose con Don Juan Manuel y con Juan Núñez de Lara en Villaumbrales a fin de lograr la paz.

No obstante, durante la entrevista, Juan Martínez de Leyva persuadió a los dos magnates de que la intención del rey era asesinarlos, por lo que ambos magnates se excusaron de asistir a la entrevista que ambos debían mantener con el rey al día siguiente.

Por su parte, Juan Núñez de Lara solicitó al rey que el señorío de Vizcaya fuese devuelto a su esposa, así como todas las villas, posesiones y castillos que habían pertenecido a su suegro, Juan el Tuerto.

A pesar de la buena voluntad inicial, no se alcanzó un acuerdo definitivo entre el magnate rebelde y su soberano.

Poco después, Juan Alfonso de Haro, señor de los Cameros, que se hallaba enemistado con el rey, se alió con Don Juan Manuel y Juan Núñez de Lara en su lucha común contra Alfonso XI.

Enfurecido el rey, ordenó cortar los pies y las manos al portador del mensaje, que fue degollado después.

Juan Núñez de Lara se comprometía a comportarse en el futuro como leal vasallo del rey y a prestarle toda la ayuda que este requiriera.

Poco después, Don Juan Manuel concertó la paz con el rey de Castilla y León.

A pesar de ello, Juan Núñez de Lara, temiendo que el rey desease arrestarle cuando entrase en sus tierras, se negó a acudir en su ayuda.

Ese mismo año surgió un nuevo conflicto entre Don Juan Manuel y Alfonso XI, en el que se vio involucrado Juan Núñez de Lara.

Pero, debido a una enfermedad que aquejaba a Blanca de Castilla, ni Alfonso IV de Portugal, ni su hijo Pedro deseaban que se celebrase este matrimonio.

En 1337 Don Juan Manuel volvió al servicio del rey y dos años más tarde, en 1339, Juan Núñez de Lara estuvo junto a Alfonso XI en Madrid, donde los embajadores del rey de Aragón comunicaron al soberano castellano que su rey se mostraba dispuesto a ayudarles en su lucha contra los musulmanes del sur de la península ibérica.

Ese mismo año, Juan Núñez de Lara fue armado caballero por el rey en Sevilla, armando él a continuación a otros veinte caballeros.

Tras la expedición, el señor de Lara regresó junto al rey a Castilla.

Los ricoshombres castellanos, entre los que se encontraba Juan Núñez de Lara, suplicaron al rey que ordenase levantar el asedio, pues corría el riesgo de perder la vida si persistía en la empresa.

Tras la muerte de Alfonso XI, fue proclamado rey su hijo mayor, el infante Pedro, que sería conocido en la historia como Pedro I de Castilla.

[9]​ Sin embargo, nada se ha conservado de esos enterramientos, ya que el convento de San Pablo de Burgos fue saqueado y destruido por las tropas francesas durante la Guerra de la Independencia Española, y posteriormente, las ruinas del edificio que aún se mantenían en pie fueron demolidas por el ejército español alrededor del año 1870 para construir un cuartel.