En la Crónica del rey Sancho IV de Castilla figura una anécdota sobre este Juan Núñez, según la cual el monarca le encomendó el cuidado de su hijo el infante Fernando: Este texto, según Carlos Estepa Díez, pone de relieve cierta identificación entre las barbas y la mayoría de edad, pudiéndose deducir que cuando Juan Núñez II de Lara compareció por primera vez ante el rey Sancho IV (c. 1288), tuviera la edad de doce o, como máximo, catorce años.

En el año 1299, Juan Núñez de Lara, en nombre del rey Fernando IV, había entrado en Castilla atacando las tierras del obispado de Calahorra que tenía Juan Alfonso de Haro.

En el enfrentamiento, acontecido entre Araciel y Alfaro, salió perdedor Núñez de Lara que fue hecho prisionero y encerrado en el castillo de Nalda, propiedad del mismo Juan Alfonso de Haro.

Continuó considerándose señor de Albarracín y aún en 1305, hacía responsable al infante Juan por tal pérdida.

En 1284 su padre fue derrotado por el rey Pedro III de Aragón quien dio el señorío a su hijo ilegítimo Fernando de Aragón.