Margarita de Habsburgo-Jagellón (Innsbruck, 16 de febrero de 1536 – Hall in Tirol, 12 de marzo de 1567).
Archiduquesa de Austria y miembro de la Casa de Habsburgo, era hija del emperador Fernando I de Habsburgo y de Ana Jagellón de Hungría y Bohemia.
Con sus hermanas Magdalena y Elena fundó el convento para monjas de Hall, construcción empezada en 1567 y completada dos años después.
Margarita nunca pudo ver el fin de la obra pues murió en ese año, con solo 31 años.