Sin embargo, las relaciones entre Fernando y su hijo Maximiliano se enturbiaron debido a las simpatías luteranas de este último, y en 1559 el emperador Fernando lo amenazó con excluirlo de la sucesión si no retornaba al catolicismo.

También atrajo ciertos recelos del Papado por su actitud tolerante con los protestantes, ya que se había educado entre luteranos.

Igualmente, los príncipes electores se opusieron a sus planes de reforma militar y sus campañas contra el Imperio otomano no cosecharon grandes éxitos: en 1566, el sultán Solimán II el Magnífico marchó sobre Austria con un gran ejército (300.000 hombres).

Pronto se libró en Hungría la Batalla de Szigetvár, fortaleza defendida por el conde húngaro Nicolás Zrínyi.

Maximiliano murió en Ratisbona mientras preparaba una intervención militar contra los polacos, con el objetivo de reclamar la corona perdida.