Mientras tanto, subsistía el problema sucesorio, pues parecía ya evidente la imposibilidad del rey para engendrar un heredero.

La reina madre Mariana de Austria no aprobó los comportamientos de este grupo cortesano liderado por su nuera, por lo que intentó contrarrestar el poder que esta ejercía sobre su hijo.

Un primer enfrentamiento entre ambas reinas (madre y consorte) tuvo lugar con ocasión de la elección del gobernador de los Países Bajos, en el que ambas lucharon por imponer a sus respectivos candidatos.

Su nieto era un claro competidor en la jugosa herencia de Carlos II, por lo que buscó diversas estrategias para limitar sus derechos sucesorios: en el lecho de muerte, el emperador Leopoldo I obligó a su hija María Antonia (madre del príncipe elector) a renunciar a sus derechos sucesorios con el fin de limitar los poderes del recién nacido, acto que enervó a Mariana que, desconsolada por la muerte de su nieta, decidió apoyar la causa bávara hasta el final.

A partir de estos hechos se inició una auténtica guerra entre las dos Marianas, la reina madre y la consorte.

La camarilla alemana articulada en torno a la reina consorte se ganó los odios de la nobleza, abriendo fisuras insalvables en la facción imperial.

Según circulaba por la corte, existía una conjura bávara que pretendía encerrar a la reina consorte y traer a Madrid al príncipe José Fernando, para colocarle en el trono bajo la regencia de la reina madre; principal valedora de sus derechos.

La opción sucesoria del partido bávaro rompía con los austríaco-palatinos pero no con los príncipes alemanes (eje de Baviera), lo que suponía una buena estratagema para derrotar a la reina Neoburgo y a su grupo proimperial.

La junta estaría encabezada por el cardenal Portocarrero que sería regente gobernador con muy amplios poderes, pretendiéndose así evitar los problemas que habían marcado la minoría de Carlos II.

Además, el cardenal tenía intención de liberar a Carlos II del influjo de su esposa llevándole a Toledo, donde podría aislarle e inclinar sus resoluciones contra los austracistas y en favor de expulsar a la reina y su camarilla, así como convocar unas Cortes Generales que ratificasen el Testamento.

Esta y el embajador imperial Harrach convencieron finalmente al rey para que no celebrase unas Cortes Generales.

No obstante, el golpe fue paralizado por el propio embajador imperial Harrach pues se pensaba que la llegada del archiduque solo crearía una mayor tensión que no haría sino perjudicar sus propios intereses.

Esta situación hacía esencial la designación de un sucesor, es decir, reafirmar el "testamento bávaro".

[16]​ Puesto en tales circunstancias el rey reafirmó el testamento: Se trataba de una sucesión en Baviera, la cual sería aceptada por las potencias europeas dado que no hacía variar la situación política y militar de Europa tras Ryswick y daba solución a la inestabilidad política de la monarquía.

Pronto comenzaron a surgir rumores de envenenamiento, aunque nunca se pudo confirmar nada.

[14]​ Dejando aparte las causas de la muerte del príncipe José Fernando, para la Monarquía Hispánica la cuestión central era que la vía intermedia entre Austrias y Borbones ya no era posible.

Todo ello coincidía con una fase alcista en los precios de los alimentos, descontento general y protestas en Madrid.

Seguidamente el primado propuso trasladar al rey a El Escorial, más propicio para la salud del monarca debido a su clima, pero también con la intención de aislarlo, sin embargo, para julio Carlos II se había ya recuperado por lo que no se pudo aislar al rey quedando de esta forma en suspenso la firma y ratificación del testamento y del sucesor.

Tal acuerdo implicaba: a la reina consorte se le garantizaba una buena viudedad y el gobierno de la ciudad que ella eligiese; a Harrach se le propuso un aumento de las cuotas comerciales para el emperador, tanto en España como en Indias; mientras que al embajador francés Harcourt se le ofreció la sucesión íntegra, siempre que Luis XIV se comprometiese a no intervenir en España y que el duque de Anjou fuese un rey independiente de su abuelo.

Mientras todo esto sucedía Carlos II seguía negándose a realizar testamento, lo que generaba gran tensión tanto en España como en Europa.

Con todo y mientras el rey siguiese con vida se mantendría una cierta calma.

Además, Portocarrero le hizo una viva exhortación para inclinarle a declarar heredero al duque de Anjou.