Pronto fue prometida a clers, su tío, el emperador Leopoldo I, hermano de su madre Mariana.La fragilidad de la regencia que Felipe IV legaba a la monarquía tras su muerte, le obligó a establecer en su testamento unas cláusulas que contemplaran todas las posibilidades de sucesión posibles (cláusulas 15 y 16).[5] La siguiente mujer destinada a continuar la línea sucesoria sería la hermana de Felipe IV, la emperatriz María, mujer del emperador Fernando III, la ya fallecida madre de Mariana de Austria, por lo que serían sus descendientes (Leopoldo I, o los hijos que este pudiera tener con Margarita Teresa, pues se suponían que esta iba a renunciar también a sus derechos tras su matrimonio con el emperador que se celebraría en vida de Carlos II), los llamados a la sucesión.No obstante y a pesar de todo, los derechos sucesorios primaban al varón sobre la mujer, por lo que el príncipe era quien heredaba el trono, mientras las infantas, unidas en matrimonio con otros monarcas o con el emperador, generalmente tenían que renunciar a estos derechos sucesorios que ostentaban casi en igualdad de condiciones con sus hermanos varones.[7] La principal candidata considerada por el rey para heredar la Monarquía tras una supuesta muerte de Carlos II, fue la infanta Margarita Teresa, destinada desde su nacimiento a casarse con el emperador.Sin embargo, Felipe IV rechazó esta propuesta, respondiendo que Carlos II de Inglaterra debería buscar esposa en Francia.Por otra parte, Felipe IV, en la cláusula 21 de su testamento dejaba entrever que le podía suceder tanto un hijo como una hija: Mientras en Madrid, Felipe IV retenía a su hija ante un posible agravamiento del problema sucesorio, en Viena al emperador Leopoldo I le urgía el casamiento con Margarita Teresa por tres razones: la necesidad de un heredero; asegurar su candidatura a heredar la monarquía hispánica en caso del fallecimiento de Carlos II, pues Luis XIV, su gran rival, había conseguido contraer nupcias con la primogénita de Felipe IV, lo cual le convertía en el máximo competidor en la cuestión sucesoria; y, finalmente, porque el matrimonio con la infanta ayudaría a reavivar unas relaciones entre las dos ramas de la Casa de Austria que estaban sufriendo un ligero enfriamiento iniciado ya a mediados del siglo XVII.Leopoldo pensó que con Mariana en el poder se agilizarían los trámites de su matrimonio, pero no fue así.Para su viaje a Alemania fue designado como camarero mayor el duque de Alburquerque.[18] Esta suntuosa representación es comúnmente considerada como la culminación de la ópera barroca en Viena durante el siglo XVII.Otro retrato, Retrato de la Infanta Margarita a los 15 años (1665), pintado por el yerno de Velázquez, Juan Bautista Martínez del Mazo se atribuyó alguna vez al menos en parte al sevillano.[22] Estos retratos responden en su mayoría a las solicitudes remitidas a la corte española desde diferentes lugares y muy en especial desde la corte de Viena, donde residía Leopoldo I, prometido de la infanta.
