La boda fue celebrada por el legado papal, el cardenal Dietrichstein.

Con este matrimonio se renovó la conexión entre los Habsburgo y la Casa de Wittelsbach.

Sin interferir en la política, María Ana vivió al lado de su marido.

Siguiendo la tradición de su dinastía, era muy piadosa y asistía a varias misas todos los días.

Su cuerpo fue enterrado en el mausoleo del emperador Fernando II, en Graz.