Pero la reina muy pronto aprendería a hablar su nueva lengua, ganándose la popularidad entre sus súbditos.
Además, las relaciones del rey con la bellísima Dyveke Willums significaban un verdadero obstáculo para el entendimiento de la pareja.
Sin embargo, la dicha no sería duradera: en 1523 los suecos se rebelan contra la autoridad del rey danés, y Gustavo Vasa, líder de la rebelión, se proclama rey.
En Dinamarca, el duque Federico, tío del rey, se subleva contra Cristián II; Isabel y su esposo solicitan frenéticamente a sus parientes regios que convenzan al duque de no rebelarse, pero es inútil.
En los años siguientes, Isabel y Cristián trataron, sin éxito, el apoyo de sus regios parientes para recuperar su reino perdido; pero las relaciones de ambos con los luteranos hicieron que les fueran aún más difíciles las cosas con las monarquías europeas.
En julio de 1525 celebra su último cumpleaños con su esposo e hijos, aún muy frágil.
En Malinas, su tía Margarita, angustiada por su salud, pide informes diarios a Zwijnaerde.
Se celebraron misas en su honor en Dinamarca, los Países Bajos, Hungría y España.