La corte de los Países Bajos era oficialmente católica, pero estaba influida por el protestantismo, y Dorotea adquirió simpatía hacia los protestantes desde pequeña.Como era la hija mayor con vida de Cristián II, Dorotea se convirtió en pretendiente a los tronos danés, noruego y sueco.Esta propuesta fue rechazada por el emperador y la regente María de Hungría porque no deseaban negociar con Federico, a quien consideraban un usurpador.El 18 de mayo de 1535, Dorotea contrajo matrimonio por poderes con Federico II del Palatinado en Bruselas, y luego en persona en Heidelberg, desde donde viajaron hacia su nuevo hogar en Neumarkt in der Oberpfalz.Federico era un aliado leal del emperador, y por mucho tiempo había deseado casarse con alguien de la familia imperial.Sin embargo, sus propuestas de matrimonio a las hermanas y las sobrinas del emperador habían sido rechazadas."[2] Entre 1537-1538, Dorotea recibió a su hermana Cristina, duquesa viuda de Milán, durante su viaje hacia los Países Bajos desde Milan.[2] Ya que Federico era igual a ella en ese sentido, acumularon grandes deudas.Visitaron la corte francesa de camino hacia los Países Bajos, donde Dorotea atrajo la atención del rey a tal punto que, según se dice, su tía, la reina Leonor de Austria, mantuvo a Dorotea a su lado en todo momento para impedir que ésta se convirtiese en amante del rey.En la Navidad de 1546, Federico y Dorotea tomaron la comunión protestante en Heidelberg, lo que enfureció al emperador.Cuando visitó a su hermana, Cristina, en los Países Bajos en 1557, se dijo que Dorotea: "es conocida por ser luterana y por estar en contra del emperador, y es odiada aquí tanto como su hermana Cristina es amada."[4] El antiguo emperador Carlos V pidió a su hijo, Felipe II de España, que invitase a Dorotea a vivir en los Países Bajos de modo que pudiera convertirse al catolicismo otra vez, y Cristina también intentó persuadirla para hacerlo pero Dorotea se negó.Sin embargo, como era una viuda sin hijos y sin posibilidades de tenerlos por su avanzada edad, Dorotea ya no era considerada políticamente útil.En 1561, Cristina visitó a Dorotea y de acuerdo con los reportes, hizo lo que le pidieron.
