Se convirtió al luteranismo, hecho que propició que, junto a Juan Federico de Sajonia, creara la Liga de Esmalcalda contra el emperador Carlos V.

Fue apresado por Carlos V y pasó cuatro años en la cárcel.

La esposa legítima quedaba sometida al capricho del poderoso interesado en contraer nuevo matrimonio y Lutero lo aceptaba a cambio de apoyo político.

Sin embargo, este punto es discutido no sólo por historiadores de la Reforma, sino por otros eruditos, pues Lutero jamás apoyó explícitamente la bigamia de Felipe, dado que Felipe hizo ver como si su primer matrimonio habría llegado a su fin.

Tuvieron los siguientes hijos: Mientras estaba casado con su primera esposa, contrajo nuevo matrimonio (convirtiéndose así en bígamo, lo que no pareció importar a sus radicales preceptores religiosos) en Rotemburgo del Fulda el 4 de marzo de 1540, en matrimonio morganático con Margarita von der Saale (1522-1566), del que procede la familia de los condes de Dietz: