En 1483 fue coronado primero en Copenhague y después en Trondheim, y el 7 de septiembre del mismo año se reunió con el Consejo sueco en Kalmar, donde fue elegido rey de Suecia.
Tras la derrota, el prestigio militar de Juan decayó y enseguida se produjeron levantamientos contra el rey en Suecia y Noruega.
En Suecia, Juan fue depuesto como rey en 1501 y el gobierno se ofreció nuevamente a Sten Sture.
La reina Cristina defendió el castillo de Estocolmo contra el sitio impuesto por los rebeldes suecos; finalmente, el castillo, que era la última plaza fuerte del rey danés en Suecia, cayó el 9 de mayo de 1502.
La Liga Hanseática y especialmente la ciudad de Lübeck vieron afectado su comercio con Suecia a causa de la guerra, por lo que entraron en guerra contra Dinamarca en 1510.