Llegó al poder por una rebelión del clero y la nobleza que desterró a su sobrino, el rey Cristián II.
La reina madre decidió dividir los ducados en dos partes iguales entre sus hijos, concediéndole a Federico el derecho de elegir primero.
Según un convenio de Cristián I, los ducados eran inseparables, por lo que oficialmente tanto Federico como Juan fungieron como cogobernantes.
Ese mismo año el rey Cristián fue nombrado duque de Schleswig-Holstein, debiendo Federico compartir el poder.
Las reformas, proclives al protestantismo, que impuso Cristián II contra la clase clerical danesa produjo descontentos.
Cristián II rehusó combatir a los sublevados, y abandonó el país el 13 de abril del mismo año.
Cristián II, procedente de los Países Bajos, emprendió personalmente una desafortunada expedición militar a Noruega en 1531 que produjo su captura ese mismo año.
Aunque en su pacto con los obispos había prometido defender la fe católica frente al protestantismo, en realidad permitió la libertad de culto.