La margravina Ana de Brandeburgo era hija del elector Juan Cicerón de Brandeburgo y de la princesa Margarita de Sajonia (o de Turingia), hija esta a su vez del duque Guillermo III de Sajonia y de Ana de Austria.
El 10 de abril de 1502 contrajo matrimonio en Stendal con su primo segundo, el príncipe Federico de Dinamarca (futuro Federico I de Dinamarca), que era también duque de Schleswig-Holstein junto a su hermano el rey Juan I de Dinamarca.
El matrimonio vivió la mayor parte del tiempo en territorio ducal, concretamente en la ciudad de Kiel.
Su marido ascendió al trono de Dinamarca en 1523 y un año después al de Noruega.
Tuvo dos hijos en su matrimonio: