Su padre le encargó en 1547 la administración de Bohemia y, desde 1556 dirigió la campaña contra los turcos en territorio húngaro.

El matrimonio, finalmente, fue aprobado por el emperador Fernando I en 1559 bajo la condición de que fueran discretos.

Después de la muerte de su padre en 1564, Fernando obtuvo mediante el testamento paterno la soberanía sobre Tirol y el Vorlande (Vorarlberg, Brisgovia, Burgau y otros).

En sus propios estados ayudó Fernando a la apertura de la contrarreforma católica y como amigo de las artes puso el fondo para la célebre colección Ambraser.

A causa del acuerdo de exclusión hereditaria sus hijos no eran herederos legítimos y así Tirol devino nuevamente después de su muerte a la línea principal de los emperadores del Sacro Imperio, siendo sucedido por su sobrino Rodolfo II.