María Ana, que tenía una especial afición por la caza, fue criada estrictamente católica por los jesuitas.

Sin embargo, la conexión más tarde jugó solo un papel subordinado en las relaciones entre Austria y Baviera.

Durante el primer embarazo de María Ana, la pareja hizo una peregrinación a Andechs para rezar por un feliz nacimiento.

El nacimiento la había debilitado tanto que perdió la capacidad de hablar.

Apoyó a su marido en los asuntos gubernamentales y mostró interés en la política del electorado.

Con su hermano, el emperador Fernando III, llevó a cabo una extensa correspondencia familiar pero también política, representando el punto de vista bávaro.

Cuando Maximiliano I escribió su testamento en 1641, María Ana reclamó el derecho a firmar conjuntamente en asuntos estatales para el eventual reinado de su hijo.

Hasta su muerte fue miembro del Consejo Privado, el organismo gubernamental más alto, donde no tenía derecho a voto.