Esto sólo terminó cuando Alberto murió en 1404.
Juana Sofía arregló matrimonios para sus hijos: negoció con Federico de Baviera casar a su hija, Margarita, con su hijo, Enrique XVI de Baviera.
Enrique y Margarita se casaron dos años después de la muerte de Juana Sofía.
Su hijo Alberto se casó con Isabel de Luxemburgo, la única hija del emperador Segismundo.
Juana Sofía murió a los treinta y seis o treinta y siete años en Viena.