Cuando la casa de Wittelsbach tomó posesión de la zona en el siglo XIII, la ciudad logró desarrollarse y expandirse y nuevos privilegios comerciales se dieron en el siglo siguiente.

Sin embargo, la ciudad fue rápidamente reconstruida gracias a los recursos de los alrededores.

En el siglo XIX el ferrocarril hizo su aparición a través del Danubio hasta el Bosque de Baviera y se construyó un puente para facilitar el transporte.

En Deggendorf se instaló un campo para los refugiados judíos después de la Segunda Guerra Mundial que albergó hasta 2000 personas.

El campamento incluso emitió su propia moneda, conocida como el dólar de Deggendorf.