Entre 1070 y 1180 los emperadores tuvieron una fuerte oposición en Baviera, especialmente por la casa ducal güelfa.
Los duques bávaros fueron elevados a príncipes electores durante la guerra de los Treinta Años en 1623.
A lo largo de los siglos otros territorios se fueron separando del antiguo ducado raíz, como el condado del Tirol o el arzobispado de Salzburgo, que ganaron inmediación imperial.
El primer duque documentado fue Garibaldo I, un agilolfingo que gobernó de 555 en adelante como un vasallo merovingio bastante independiente.
Estos duques agilolfingos consiguieron mantener Baviera más o menos independiente del poder merovingio desde mediados del siglo VII, aliándose con los lombardos de Italia y llegando a ceñir la Corona Férrea.
Alrededor del año 743, el duque bávaro Odilón hizo vasallo a los príncipes eslavos de Carantania (que se corresponde aproximadamente con la posterior marca de Carintia), que le habían pedido protección contra los ávaros invasores.
La residencia de los bastante independientes duques agilolfingos era entonces Ratisbona, la anterior Castra Regina romana, a orillas del Danubio.
Los carolingios fueron menos tolerantes con esta situación y la autonomía que los duques bávaros tuvieron con los merovingios, llegó a su fin.
Carlomagno conquistó finalmente el último ducado raíz, Baviera, en 788, obligando a abdicar al último duque agilolfingo Tasilón III, nieto como el propio Carlomagno de Carlos Martel, y que había intentado en vano mantener su independencia a través de una alianza con los lombardos.
Baviera fue incorporada al Imperio carolingio como una provincia o regnum, gobernada desde entonces por prefectos francos.
En las vecinas tierras alamánicas (Suabia) al oeste del Río Lech, Augsburgo fue sede obispal.
Cuando Bonifacio estableció la diócesis de Passau en 739, podía ya construir sobre tradiciones cristianas locales.
En su Ordinatio Imperii de 817, el hijo y sucesor de Carlomagno, el emperador Ludovico Pío intentó mantener la unidad del Imperio carolingio: mientras la autoridad imperial a su muerte pasó a su hijo mayor Lotario I, los hermanos menores recibirían reinos subordinados.
En 899 Baviera pasó a Luis el Niño, durante cuyo reinado ocurrieron reiterados ataques de los húngaros.
El rey alemán Conrado I atacó, sin éxito, a Arnulfo cuando este último rechazó reconocer su supremacía real.
Esta época vio el auge de muchas familias aristocráticas, como los Andechs o los Wittelsbach.
La región suaba fue durante el reinado de los Staufer, en gran medida, campo.
Jordan afirma[2] que no existe ningún registro en el siglo XII de un conde en Baviera nombrado por la corona, aunque está claro que debió haber algunas tierras de la corona en Baviera, pues el emperador Federico I Barbarroja enfeudó a Enrique el León con numerosos feudos imperiales cuando le instaló como duque de Baviera en 1156.
Las tierras de nueva adquisición no se entregaban ya en feudo, sino que eran administradas por servidores.
Puesto que no había preferencia sucesorios del primogénito en la dinastía Wittelsbach, a diferencia de muchos gobiernos de su época, en 1255 se produjo una división de la tierra en Alta Baviera con el Palatinado y el Nordgau (con sede en Múnich) y Baja Baviera (con sedes en Landshut y Burghausen).
Le siguió Luxemburgo en 1373 y los condados holandeses cayeron en manos de Borgoña en 1436.
Así, la dignidad electoral para la línea posterior del Palatinado se perdió también.
Sin embargo, Kufstein, Kitzbühel y Rattenberg, originariamente bávaros, se perdieron en favor de Tirol en 1504.
Guillermo hizo también mucho en un período crítico para asegurar que Baviera siguiera dentro de la Iglesia católica.
Entonces tomó medidas para reprimir a los reformadores, muchos de los cuales fueron expulsados; mientras, los jesuitas, a quienes había invitado al ducado en 1541, hicieron del Colegio jesuita de Ingolstadt, su cuartel general en Alemania.
El resultado fue una unidad y un orden en el ducado que permitieron a Guillermo tener un papel importante en la guerra de los Treinta Años; durante los primeros años de la misma tuvo tanto éxito que pudo adquirir el Alto Palatinado y la dignidad electoral que había disfrutado desde 1356 una rama maor de la familia Wittelsbach.