En el siglo v los boios extendieron sus posesiones por la Nórica Occidental, donde se fusionaron con tribus germánicas como los marcomanos, los turingios, los gépidos y los rugios para formar el pueblo de los bávaros.

Poco se sabe después de Garibaldo II hasta los tiempos del duque Teodón I, cuyo reinado pudo haber comenzado tan temprano como 680.

Después de 781 su primo Carlomagno empezó a presionarlo para que se sometiera y, ese mismo año, Tasilón le prestó homenaje.

Puesto que toda su familia se vio obligada a profesar en monasterios, este fue el auténtico final de la dinastía agilolfinga.

Carlomagno confió el gobierno del ducado a su cuñado Geroldo o Gerardo, conde de Suabia, como duque subordinado.

Entonces los condes francos asumieron el control de la administración y asimilaron esa tierra con el resto del Imperio carolingio.

El rey Conrado I de Alemania atacó sin éxito a Arnulfo cuando este último rechazó reconocer su supremacía real.

El emperador designó también a un conde palatino en la persona del hermano de Everardo, Arnulfo, para defender los intereses reales.

Demostró ser un gobernante capaz que mantuvo el orden interior, publicó leyes importantes y tomó medidas para reformar los monasterios.

A cambio, la Marca de Austria fue convertida en un ducado independiente, donde se integró el distrito entre el río Enns y el Eno.

Desempeñó un papel principal en asuntos alemanes durante el reinado del emperador Federico II y murió asesinado en Kelheim en septiembre de 1231.

Los esfuerzos de los duques para aumentar su poder y consolidar la unidad del ducado tuvieron éxito, pero solo hasta cierto punto.

Luis II obtuvo la parte occidental del ducado —luego llamada Alta Baviera— así como el Palatinado, y Enrique se aseguró la Baja Baviera.

Tras dicha guerra sucesoria, en 1506 las demás partes de Baviera fueron reunidas y Múnich se convirtió en la única capital.

Los bávaros se habían opuesto con todas sus fuerzas a la Reforma protestante y tomaron partido por el emperador en esta guerra.

Como recompensa, el emperador Fernando II elevó al duque Maximiliano a la dignidad de elector (1623) e hizo que este título fuera hereditario en su familia.

Se alió con Francia, conquistó Austria septentrional, fue coronado Rey de Bohemia en Praga y, en 1742, emperador en Fráncfort.

Al mando de Jean Victor Marie Moreau, en 1795 invadieron la propia Baviera y avanzaron hasta Múnich, donde los liberales, durante mucho tiempo reprimidos, los recibieron con alegría.

Cuando Napoleón abolió el Sacro Imperio Romano Germánico en 1806, Baviera se convirtió de manera definitiva en un reino debido, en parte, a la Confederación del Rin.

El Tirol y Salzburgo se unieron temporalmente con Baviera pero al final fueron cedidos a Austria por el Congreso de Viena.

Pero la pasión del rey por la bailarina Lola Montez desencadenó una revuelta popular que le derrocó en 1848 durante la «Primavera de los Pueblos».

Por lo tanto, la adhesión al Imperio alemán (1871) no le impidió conservar su categoría de reino y cierta autonomía administrativa.

La inclusión de Baviera en el imperio alemán fue una acción controvertida para los nacionalistas bávaros, que quisieron mantener su independencia.

Como Baviera tenía una población mayoritariamente católica, mucha gente se resentía de estar gobernados por la norteña Prusia, cuyos habitantes eran en su mayor parte protestantes.

[8]​ Luis II es ciertamente el monarca más conocido, en particular gracias a la construcción de castillos extravagantes (como Neuschwanstein) y por su misteriosa muerte.

A principios del siglo xx los pintores Vasili Kandinski y Paul Klee, el escritor Henrik Ibsen y otros artistas destacados se vieron atraídos a Baviera, particularmente al distrito muniqués de Schwabing, un centro de actividad artística internacional.

La Unión Social Cristiana de Baviera (CSU) se formó en el año 1946 y ganó las primeras elecciones al parlamento regional.

El texto adoptado refleja en gran medida estos puntos de vista, pero Baviera fue el único territorio occidental que votó contra la Ley Fundamental en 1949.

Pero, al mismo tiempo, acordaron que la Ley sería aplicable en Baviera si dos tercios de los otros Länder la ratificaban.

Con un 3 % de su PNB consagrado a la investigación y el desarrollo, Baviera se sitúa en un nivel nacional e internacional muy alto.