Fue encarcelado desde 1933 hasta 1934 por su oposición al nazismo, después de lo cual trabajó como abogado.
De 1918 a 1933, Schäffer fue miembro del Partido Popular Bávaro (BVP).
Sin embargo, se opuso al ascenso al poder de los nazis en Baviera y participó en la formación del Bayernwacht en 1931, una organización destinada a proteger a los políticos conservadores de las Sturmabteilung (SA).
Müller deseaba hacer de la CSU un partido multi-confesional, mientras que Schäffer intentaba moverla hacia un renacimiento del BVP dominado por los católicos.
Logró liberarse de esta acusación y volvió a entrar en política después.
[3] Durante su tiempo como Ministro de Finanzas alemán, se convirtió en el segundo hombre más poderoso en la política federal.
Era conocido por sus estrictas políticas fiscales, destinadas a mantener la moneda alemana estable.