Durante la República de Weimar, Müller participó activamente en política como miembro del regionalista Partido Popular Bávaro (BVP).
Durante el régimen nazi, Müller ejerció como abogado defensor de muchos opositores al nazismo.
[2] Durante la posguerra Müller trabajó por la fundación de un nuevo partido cristiano integrado tanto por católicos como por protestantes.
Así mismo, Müller fue el padrino político del entonces joven Franz Josef Strauß.
Una vez electo Ehard designó a Müller como ministro de justicia y automáticamente entró en el gobierno bávaro.