Nació en Múnich, hijo morganático del duque Alberto de Baviera y su primera esposa, la condesa María Francisca Drašković de Trakošćan.
Desarrolló una pasión por coleccionar arte moderno y actualmente muchas de las piezas de su colección privada se encuentran en préstamo permanente en la Pinacoteca Moderna en Múnich.
[4] Francisco de Baviera vive en un ala del Palacio de Nymphenburg en Múnich con su pareja Thomas Greinwald, desde hace cuatro décadas.
Según la legislación alemana, los títulos reales no están reconocidos, pero pueden usarse como parte del apellido.
Los Jacobitas se refieren a él como Francis II de Inglaterra, Escocia, Francia e Irlanda, aunque no utiliza esos títulos.
[9] Su título extenso es el siguiente: Su Alteza Real Francisco, duque de Baviera, de Franconia y en Suabia; conde palatino del Rin.