Ante ello, la sucesión al trono lusitano recayó en la sobrina del conservador príncipe Miguel y él fue llamado a ser regente durante su minoría de edad.

Esta abdicación quedó condicionada hasta que fuera aceptada la Carta Constitucional de 1826 y su hija casara con su hermano.

En 1831, Pedro de Braganza abdicó del trono del Imperio de Brasil y se trasladó a las islas Azores, desde donde lanzó ataques navales a Portugal hasta que logró desembarcar una fuerza apreciable e inició una guerra civil entre ambos hermanos.

Incluso llegó a una alianza informal con el infante Carlos María Isidro de Borbón, que dirigiría las Guerras Carlistas en la vecina España, lo cual le ganó a Miguel la enemistad del gobierno de la reina española Isabel II.

[2]​ En pleno periodo de su reinado, mantuvo una relación duradera con Antonia Francisca Ribeiro do Carmo, una noble portuguesa que vivió entre Portugal e Italia y con quien el rey tuvo su primera hija natural, María Asunción de Braganza, en 1831, reconocida públicamente, años más tarde, en 1839.

Esta segunda hija, porque la madre no pertenecía a la nobleza portuguesa, no pudo disfrutar del mismo reconocimiento público como la primera hija natural del monarca; sin embargo, el rey le dio, como a su primera hija, el derecho a utilizar los sobrenombres reales para efectos de registro de bautismo y para semi-legitimación paterna.